Einige Zeit ist seit dem Aufeinandertreffen zwischen Miles Morales (Stimme im Original: Shameik Moore) und Gwen Stacy (Hailee Steinfeld) ins Land gezogen. Zwar befinden sich die beiden wieder in fernen Multiversen, doch in Gedanken bleiben sie verbunden. Doch Gwen hat inzwischen ganz eigene Sorgen. In ihrer eigenen Heimat bleibt sie weiter eine Einzelgängerin, die als Spider-Girl zwar immer wieder die Welt rettet und es mit fiesen Schurken aufnimmt, aber trotzdem steht sie im Verdacht, am Tod von Peter Parker beteiligt gewesen zu sein. Insbesondere ihr Vater (Shea Whigham) setzt alles daran, die mutmaßliche Verbrecherin endlich dingfest zu machen – daran ändert auch Gwens Demaskierung nichts. Als Gwen es während einer Routine-Mission plötzlich mit einer seltsam altertümlich anmutenden Version des Bösewichts Vulture (Jorma Taccone) zu tun bekommt, muss sie feststellen, dass sich scheinbar weitere Lücken im Multiversum aufgetan haben – und das es Spider-Menschen gibt, die sich zwischen den einzelnen Universen frei bewegen können. Angeführt von Miguel O'Hara alias Spider-Man 2099 (Oscar Isaac) sorgt eine Vereinigung für Ordnung im Spider-Multiversum. Gwen Stacy wittert eine Chance: Gibt es eine Möglichkeit, noch einmal Kontakt mit Miles Morales aufzunehmen? Währenddessen hat Miles in seinem Universum auch einiges um die Ohren: Ein neuer Schurke namens The Spot (Jason Schwartzman) sorgt in der Stadt für Chaos und setzt dabei eine Kette von Ereignissen in Bewegung, die die Zukunft des Multiversums beeinflussen wird...

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